La Storia: Re, Dogi e Imperatori
I Pisani di Santo Stefano, cui si deve la costruzione della villa, costituivano un importante ramo del casato Pisani, antica famiglia patrizia veneziana. Arricchitisi enormemente nel corso del Trecento grazie ai traffici commerciali e alle rendite immobiliari, nel Quattrocento divennero proprietari di un ampio feudo nella bassa padovana e nello stesso giro d'anni intrapresero anche la costruzione del grande palazzo veneziano di Campo Santo Stefano (l'attuale conservatorio "Benedetto Marcello"), che giunse a termine solo nel Settecento. E fu proprio quest'ultimo il secolo d'oro della famiglia, che arrivò a ricoprire le più alte cariche della Repubblica di Venezia. Alvise Pisani (1664 - 1741) fu ambasciatore alla corte del Re Sole, il quale fu padrino di uno dei suoi figli, e venne poi eletto doge nel 1735. Ma la decadenza era già alle porte: il crollo della Repubblica (1797) prima, il vizio del gioco poi spinsero i Pisani a indebitarsi rovinosamente. Fu per questo che si trovarono costretti a vendere la villa a Napoleone Bonaparte che era diventato re d'Italia nel 1805, l'11 gennaio 1807, per 1.901.000 di lire venete.
La villa venne donata dall'imperatore Bonaparte al figliastro Eugenio di Beauharnais, vicerè d'Italia. Eugenio, raffinato mecenate, commissionò una serie di lavori di ammodernamento che cambiarono l'aspetto di molte sale della residenza e del parco.
Nel 1814 le sorti dell'Europa, decise a Waterloo, portarono a villa Pisani la famiglia imperiale asburgica, ora divenuta signora del regno Lombardo-Veneto. La dimora divenne così luogo di villeggiatura prediletto dall'imperatrice d'Austria Marianna Carolina e ospitò l'intero gotha dell'aristocrazia europea, dal re di Spagna Carlo IV (1815) allo zar di Russia Alessandro I (1822), dal re di Napoli Ferdinando II (1837) al re di Grecia Ottone (1837) e molti altri. La brillante atmosfera di vita di corte ebbe termine nel 1866, quando il Veneto venne annesso al regno d'Italia. La villa non entrò a far parte dei beni della corona di casa Savoia ma divenne invece proprietà di stato, perdendo così la sua funzione di rappresentanza. Non più abitata, divenne museo nel 1884 e fu meta di visita di personaggi quali Wagner, D'Annunzio (che vi ambientò una scena fondamentale del suo romanzo Il Fuoco), Mussolini e Hitler (il cui primo incontro ufficiale avvenne qui, nel 1934), Pasolini (che girò nelle sale della villa e nel parco un episodio del suo film Porcile).